临床蛋白组学大队列痛点破解

核心实验结果：自动化显著提升数据重复性

研究设置对照：由3位经验丰富技术员手工处理同一份血清混合标准品。

PCA结果清晰看到：手工样本会按照操作人员明显分群，人为引入巨大变异。

在临床蛋白质组学研究中，上千例患者大队列样本越来越常见。现在LC‑MS质谱检测速度已经压缩到20分钟以内，但样本前处理，反而成为整个实验最大瓶颈。

手工处理血清样本，不仅耗时长、人力成本高，更头疼的是：不同实验人员操作带来明显批次效应、数据波动大，直接影响生物标志物筛选结果的可靠性。

来自德国科隆大学CECAD蛋白组平台与Hamilton的联合应用方案，基于Microlab® STAR™自动化工作站，把「样本裂解‑SP3磁珠酶解‑Evotip捕获柱上样」完整打通，给高通量临床血清蛋白组提供标准化解决方案。

完整自动化工作流程

整套流程分为三大子实验：样本裂解、SP3磁珠酶解、Evotip上样，全部基于9孔板体系，适配大批量临床样本。

1. 自动化样本裂解

血清样本自动稀释，完成蛋白还原（TCEP）、烷基化（CAA）反应；处理完成可密封冻存，便于批量队列样本分批处理。

2.自动化SP3磁珠酶解

采用经典SP3方案：

蛋白在乙腈环境结合羧基磁珠，有机溶剂多步洗涤去除杂质；磁珠上37℃胰蛋白酶酶解5h；磁珠磁吸分离，收集肽段上清，甲酸酸化后短期4℃或长期‑80℃保存待用。

96个样本整套SP3酶解耗时约6‑6.5h，单日可处理8‑10块板。

3. 两种Evotip上样模式可选

方案A：全自动化[MPE]²模块上样

无需离心，工作站自动完成树脂活化、缓冲液分层、样本叠加、肽段结合、洗涤储存，无人干预。

方案B：半自动化离心上样

液体处理自动完成，配合台式离心机800g短时离心实现肽段过柱，实验室现有设备即可落地。

经过Evotip捕获柱制备完成的样本，直接对接Evosep One液相，搭配Orbitrap Exploris 480质谱开展DIA检测。